Фамилия Беззубенков образована от прозвища Беззубый. Однако не стоит думать, что его давали человеку со слабыми зубами или больному. В старину у восточных славян была распространена охранительная традиция: родители нарекали ребёнка именем-оберегом с «отрицательным» значением (Беззубый, Некрас, Немил). Считалось, что злые силы не позарятся на такого «неполноценного» младенца, и он вырастет здоровым и крепким. Так что Беззубым, скорее всего, назвали мальчика именно с этой целью — уберечь от хворей.

В основе фамилии лежит украинская или белорусская модель прозвища на -енко. Первоначально она бытовала в форме Беззубенко — так называли сына, внука или ученика Беззубого. Со временем носители этой фамилии переселились в великорусские земли, где фамилии на -енко стали адаптировать к местной норме, добавляя типичный русский суффикс -ов. Так Беззубенко превратился в Беззубенкова. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Беззубенков, то есть потомок Беззубенко.

С точки зрения словообразования фамилия необычна тем, что сохранила двойной суффикс: украинское -енко и русское -ов. Это редкий случай, когда миграция семьи оставила след прямо в фамилии. Однокоренные варианты — Беззубов, Беззубенко, Беззубиков — встречаются реже и чаще привязаны к конкретным регионам. Беззубенковых же больше всего в южнорусских областях и на границе с Украиной, что подтверждает версию о движении предков с запада на восток.