Фамилия Биккужин — один из тех родовых имен, которые безошибочно указывают на восточные корни. Она образована от мужского имени Биккужа, а само имя — составное, и в этом ключ к его смыслу.

Первая часть, «бик», восходит к древнетюркскому «бек» (или «бий»). Изначально это был военный термин, обозначавший вождя племени или военачальника, но со временем слово превратилось в титул «князь, господин, повелитель». Вторая часть имени — «кужа». Это башкирский и персидский вариант иранского имени Ходжа, которое переводится как «наставник», «хозяин», «господин». Складываясь вместе, Биккужа означает примерно «господин-наставник» или «князь-хозяин». Нарекая так сына, родители желали ему стать знатным, властным и уважаемым человеком.

По русской словообразовательной модели к основе на -а добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Биккужи). Так имя отца закрепилось за его потомками уже как фамилия — Биккужины.

Фамилия характерна для башкир и татар. Встречается она в разных вариантах написания (Биккузин, Биккужин), что связано с особенностями произношения в диалектах и записью в документах. Стоит отметить, что фамилия эта — не дворянская в российском понимании, а народная, крестьянская или купеческая, что не умаляет её древности. Точное время её возникновения установить сложно: такие фамилии у тюркских народов окончательно закрепились в XIX — начале XX века, но само имя Биккужа бытовало задолго до этого.