Фамилия Биккужина — женская форма фамилии Биккужин, и её разумнее анализировать через мужской вариант, от которого она образована. В основе фамилии лежит тюркское имя или прозвище, и здесь сразу заметна редкая словообразовательная черта: двойной суффикс -ин. В русской модели фамилий на -ин обычно указывают на принадлежность к отцу или предку (чей сын? — Биккужин). Но в данном случае основа сама по себе содержит компонент, похожий на суффикс принадлежности, что делает фамилию необычной.

Разложим имя Биккужа. Первая часть «бик» — это диалектный вариант тюркского «бек» (господин, князь, начальник), часто встречающийся в башкирских, татарских и казахских именах. Вторая часть «кужа» — это искажённое или народное произношение арабского «хужа» (хозяин, господин, также почётное звание). Таким образом, Биккужа означает «господин господ» или «князь над хозяевами» — титульное имя, подчёркивающее высокий статус или уважение. Подобные составные имена (Биктимир, Бикбау) типичны для башкирской и татарской антропонимии.

Географически фамилия Биккужин (и Биккужина) наиболее частотна в Башкортостане и соседних регионах с тюркским населением. Это указывает на башкирские или татарские корни, причём в башкирской среде такие имена встречаются чаще из-за сохранения архаичных форм. Суффикс -ин в русской записи закрепился при оформлении фамилии в паспортных документах, что типично для многих тюркских фамилий, адаптированных к русской грамматике.

Интересно, что в самой основе уже заложено значение «господин», поэтому фамилия не просто указывает на потомка некоего Биккужи, а несёт в себе двойное почётное значение: и как личное имя предка, и как указание на его социальное положение. Предки носителей фамилии, скорее всего, были людьми уважаемыми в своей общине — возможно, старшинами, баями или религиозными авторитетами, поскольку имя с компонентом «хужа» часто давали в семьях с религиозным или административным весом.