Фамилия Бикужина — женская форма фамилии Бикужин, и её корни уходят в тюркскую языковую среду. Основа фамилии — имя или прозвище Бикужа, которое состоит из двух частей: «би» (бай, бий — «князь», «господин», «богатый», «знатный») и «кужа» (вариант слова «хужа», «хозяин», «владелец», восходящего к персидскому «ходжа»). Таким образом, Бикужа буквально означает «знатный хозяин» или «господин-владелец». Это типичная для тюркских народов составная антропонимическая модель, где первая часть указывает на социальный статус, а вторая — на положение в доме или общине.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ин, который в данном случае присоединён к основе на -а. Это указывает на то, что предок носителя фамилии (мужчина) носил имя Бикужа или прозвище Бикужа. Суффикс -ин — один из самых распространённых в русских фамилиях, он отвечает на вопрос «чей?»: Бикужин — «сын Бикужи». Такая модель характерна для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я.

Географически фамилия Бикужина (и Бикужин) наиболее вероятна в среде татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где были распространены подобные составные имена. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от конкретного родоначальника в одном из селений. В русских документах фамилия могла закрепиться после крещения или в ходе административного учёта, когда тюркское имя записывали с русским окончанием.

Стоит отметить, что вторая часть «кужа» в диалектах может иметь и другое значение — «сват» или «родственник со стороны жены». В этом случае Бикужа — «знатный сват» или «господин-сват», что тоже укладывается в логику прозвищ, данных по родственным связям или социальной роли в свадебных обрядах. Однако версия с «хозяином» выглядит более универсальной и чаще встречается в ономастике.

Сословно носители такой фамилии могли относиться к служилым татарам, торговцам или зажиточным крестьянам — имя Бикужа подразумевает уважение и достаток. Но точных данных о сословной принадлежности всех носителей нет, и делать обобщение на всю фамилию было бы некорректно.