Фамилия Беккужина — женская форма тюркской фамилии Беккужин, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем Беккужа. Это сложносоставное имя, типичное для казахской и башкирской антропонимии, где первая часть «бек» (или «бик») означает «господин», «князь», «вождь», а вторая — «кужа» (вариант «кожа», «ходжа») восходит к арабскому «ходжа» — «господин», «хозяин», «наставник». Таким образом, имя Беккужа буквально переводится как «господин господ» или «князь-наставник» — титул, указывающий на высокое положение или уважение в общине.

Модель образования фамилии стандартна для тюркских языков: к имени Беккужа добавили русский суффикс принадлежности -ин, который в женском роде дал окончание -а. Такая адаптация произошла в XIX–XX веках, когда при переписях и паспортизации тюркские имена и прозвища оформляли по русскому образцу. Фамилия Беккужин (и Беккужина) бытует преимущественно в среде казахов, башкир и татар, особенно в Оренбургской, Челябинской областях России и в западных регионах Казахстана.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ин, которые образованы от прозвищ или профессий, Беккужина восходит именно к личному имени, причём имени с религиозным и социальным оттенком. Компонент «кужа» — маркер, указывающий на потомков пророка Мухаммеда (в исламской традиции «ходжа» — почетное звание для тех, кто ведет род от первых халифов). Однако в данном случае имя Беккужа могло быть не столько генеалогическим, сколько почётным прозвищем, данным предку за мудрость или богатство.

Споров о корнях практически нет: лингвисты сходятся на том, что фамилия чисто тюркская, без славянских вкраплений. Редкая форма с удвоением «к» (Беккужин, а не Бекужин) объясняется тем, что в тюркских языках согласные на стыке корней часто удваиваются для благозвучия. Носительницы фамилии Беккужина, скорее всего, происходят из семей, где предок носил имя или прозвище Беккужа — человека уважаемого, возможно, сельского старшины или духовного наставника.