Фамилия Беккинин — редкий случай, когда структура слова подсказывает больше, чем его корень. В ней два суффикса: сначала -ин-, а потом ещё один -ин. Такое удвоение встречается нечасто и обычно указывает на то, что фамилию образовали не от личного имени напрямую, а от прозвища или имени, которое уже имело суффикс принадлежности.

Попробуем разобрать цепочку. Основа — «Бекк». Это может быть вариант тюркского «бек» (господин, князь), но с утроенной согласной, что типично для русской адаптации восточных имён. Сравните: Бек → Бекка (уменьшительное) → Беккин (чей-то сын или человек Бека). А от «Беккин» уже пошла фамилия Беккинин — буквально «внук или потомок Беккина». То есть первый суффик -ин- входил в состав прозвища отца, а второй стал фамильным.

В русской ономастике такая модель известна: фамилии на -инин (реже -ынин) возникали, когда прозвище предка уже заканчивалось на -ин. Например, от имени Гаврила → Гаврилин → Гаврилинин. Беккинин — из того же ряда, но с восточным корнем. Это говорит о том, что носитель фамилии мог происходить из среды, где тюркские имена смешивались с русской патронимической традицией: татарские служилые люди, выходцы из Казанского или Астраханского ханства, переходившие на русскую службу и получавшие фамилии по отцу.

Географически фамилия крайне редкая. Основной массив носителей, по доступным данным, сосредоточен в Поволжье (Татарстан, Удмуртия, Кировская область) — регионах, где исторически жили татары-кряшены или русские, контактировавшие с тюркским населением. Встречается она и на Урале, что подтверждает версию о миграции служилых людей в XVI–XVII веках.

Других версий происхождения, заслуживающих внимания, нет. Связывать фамилию с итальянским «беккино» (маленький клюв) или немецким «Beck» — натяжка, лишённая исторической и географической опоры. Фамилия Беккинин — наглядный пример того, как русский суффиксальный аппарат «наращивался» на иноязычную основу, создавая уникальную словообразовательную конструкцию.