Фамилия Бекинин — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, тюркское прозвище. Если посмотреть на суффикс, всё становится ясно: -ин указывает на принадлежность («чей?»), а значит, в основе лежит слово Бекиня. Это не каноническое крестильное имя, а прозвище, которое в старину давали человеку с «бекскими» замашками или внешностью.

Корень «бек» (тюрк. «господин», «князь», «начальник») — один из самых распространённых в тюркской ономастике. От него образованы фамилии Беков, Бекетов, Беклемишев. Но Бекинин стоит особняком. Скорее всего, прозвище Бекиня получил человек, которого в шутку величали «князьком» — либо из-за важного вида, либо за властный характер. В русских говорах уменьшительно-пренебрежительный суффикс -ыня/-иня (как в словах «барыня», «боярыня») мог прирастать и к тюркским корням, создавая прозвища вроде Бекиня, Муратыня, Ахметыня.

Вероятнее всего, фамилия возникла на южных или восточных окраинах Московского государства — в районах, где русское население тесно контактировало с татарами, башкирами или ногайцами. Там подобные прозвища были естественны: нередко служилые люди «по прибору» (казаки, стрельцы) получали тюркские клички, которые потом закреплялись в фамилиях.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «бекинить» (в некоторых говорах — «бекенить», то есть «кричать, шуметь, буянить»). Тогда Бекинин — сын Бекини, то есть «крикуна» или «задиры». Однако эта версия слабее: глагол редкий, а тюркский корень «бек» даёт более логичное объяснение, учитывая массовость подобных фамилий.

Что касается сословной принадлежности, Бекинины вряд ли были знатным родом. Фамилии на -ин с тюркской основой чаще всего встречались у крестьян, однодворцев и казаков. Если бы род происходил от татарского мурзы или князя, фамилия, скорее всего, писалась бы через -ов (Беков) или имела бы форму на -ский. Бекинин — фамилия демократичная, бытовая, и её носитель, скорее всего, был простым человеком, которого в деревне прозвали Бекиней за стать или повадки.