Фамилия Бекинаев — одна из тех, что напрямую указывает на имя предка. В её основе лежит казахское мужское имя Бекинай. Значение этого имени необычное и образное: «маленький сайгак». Сайгак — степная антилопа, известная своей стремительностью и лёгкостью. В переносном смысле сайгаком могли назвать молодого, быстрого, подвижного человека, «лёгкого на ногу», как тогда говорили. Таким образом, прозвище или имя Бекинай могло характеризовать нрава или внешность родоначальника.

Фамилия образована по русской модели с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на -й. Это типичный способ оформления тюркских имён в русской среде: имя Бекинай превратилось в Бекинаев, то есть «сын Бекиная». Подобная словообразовательная модель встречается у многих фамилий тюркского происхождения, например, Ахметов, Муратов, где русский суффикс наслаивается на восточное имя.

Интересно, что имя Бекинай — двусоставное. Первая часть, «бек», в тюркских языках означает «князь», «господин», «предводитель». Вторая часть, «най» (от монгольского «най» — «маленький», «младший»), придаёт имени уменьшительно-ласкательный оттенок. В итоге всё имя можно прочитать и как «маленький бек» или «князёк», что делает его не просто прозвищем по сходству с животным, а именем с социальным подтекстом. Вероятнее всего, первоначальное значение было именно «князёк», а «маленький сайгак» — народное, более образное переосмысление, которое и закрепилось в памяти.

Фамилия Бекинаев распространена в Казахстане и среди казахской диаспоры, а также встречается у тюркоязычных народов сопредельных регионов. В русском контексте она могла появиться при оформлении документов в XIX — начале XX века, когда тюркские имена и прозвища фиксировались по русским паспортным правилам.