Фамилия Бекинаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Бекинаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Бекинаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Бекинаев образована от казахского мужского имени Бекинай, которое переводится как «маленький сайгак». В переносном значении сайгаком могли называть молодого, скорого, лёгкого на ногу человека. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Бекинаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Бекинаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.