Фамилия Беккужинов — редкий случай, когда в основе лежит не просто арабское или тюркское имя, а сложное составное прозвище, собранное из двух самостоятельных компонентов. Разбирать её нужно не с корня, а с модели: это классическая русская патронимическая фамилия на -ов, но образована она не от канонического мусульманского имени, а от прозвища Беккужа.

Первая часть — «бек» (тюрк. «господин, князь, начальник»), вторая — «кужа» (каракалпакское или казахское «кужа» — «господин, хозяин»; восходит к персидскому «худжа», родственному арабскому «ходжа»). Получается тавтология: «господин-господин» или «князь-хозяин». Такие парные прозвища встречались у тюркских народов для усиления статуса: человека могли назвать Беккужой, подчёркивая его знатность или власть.

Географически фамилия тяготеет к северному Казахстану и Оренбуржью, где исторически кочевали роды, смешивавшие казахские, каракалпакские и ногайские традиции. В русских документах XIX века такие прозвища фиксировали у казахов, переходивших в оседлость и получавших фамилии по отцу. Суффикс -ов указывает на то, что родоначальника звали Беккужа, а его сын стал Беккужиновым.

В отличие от фамилий на -ин (например, Беккужин), форма Беккужинов встречается реже и может говорить о более поздней русификации или о принадлежности к определённому роду, где окончание -ов закрепилось под влиянием русской канцелярии. Других версий происхождения нет: попытки вывести фамилию от арабского «Бек» и «Кужа» как двух разных предков лишены смысла — прозвище было единым.