Фамилия Беккужиев — редкий пример фамилии, образованной от арабского имени через казахское посредничество. Основа здесь — мужское имя Беккужа, которое распадается на две части: «бек» (тюркское «господин», «князь», «начальник») и «кужа» — казахский фонетический вариант арабского имени Ходжа (господин, хозяин, также — почетное звание для купцов или потомков пророка). Получается, что Беккужа — это «господин господ» или «князь-хозяин», составное имя с усилительным значением. Такая модель характерна для казахской и некоторых других тюркских антропонимических систем, где два титула склеивались в одно имя, подчеркивая высокий статус носителя.

Русский суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась в русской официальной среде, скорее всего, в документах Российской империи. По правилам русской грамматики от имени Беккужа (с конечным -а) фамилия должна была бы звучать как Беккужин, но здесь мы видим суффикс -ев, что нестандартно. Скорее всего, исходная форма имени фиксировалась как Беккужий или Беккуж, либо в документах произошла замена по аналогии с более привычными фамилиями на -ев. В любом случае, фамилия Беккужиев означает «потомок Беккужи» и однозначно указывает на казахские или, реже, ногайские корни предка.

Географически фамилия привязана к Западному Казахстану и прилегающим районам России. Встречается она в Атырауской, Западно-Казахстанской и Актюбинской областях Казахстана, а также среди казахов, живущих в Астраханской и Оренбургской областях России. Это зона расселения Младшего жуза, где имя Беккужа было распространено. Социальный контекст: предки-носители имени Беккужа, скорее всего, не были рядовыми скотоводами — имя с двойным титулом «бек» и «ходжа» давали детям в семьях с притязаниями на знатность или духовный авторитет. Возможно, предок был старшиной рода, баем или потомком мусульманских проповедников (ходжей), хотя к XIX веку такие имена могли давать уже и просто из уважения к традиции.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Беккужин (более редкий, но грамматически правильный вариант), Беккужаев (с другим суффиксом, встречается у башкир и татар), а также Кужаев, Кужин — от той же основы «кужа». Фамилия Беккужиев стоит особняком: она сохранила редкий суффикс -ев при основе на гласную, что делает её словарной редкостью и хорошим маркером для генеалогического поиска — если человек носит такую фамилию, его предки с высокой вероятностью происходят из конкретной казахской родовой группы, где имя Беккужа было наследственным.