Фамилия Беккужиева — женская форма мужской фамилии Беккужиев. Её основа тюркская и состоит из двух частей: «бек» (вождь, господин, князь) и «кужа» — диалектный вариант имени Ходжа (араб. «хозяин», «господин», «наставник»). В тюркской антропонимике «бек» мог быть как титулом, так и частью имени, а «кужа» (Ходжа) указывало на человека, совершившего хадж, либо на духовное лицо. Таким образом, исходное имя Беккужа означало «господин из рода ходжей» или «князь-наставник».

Словообразовательная модель типична для фамилий тюркских народов России и Средней Азии: к основе на гласный (Беккужа) добавляется русский патронимический суффикс -ев, а затем окончание -а для женского рода. Подобные фамилии (Кужаев, Бекмурзаев, Бектуганов) массово закрепились в XIX — начале XX века, когда имперская администрация фиксировала мусульманские имена по русским образцам. В казахском языке, например, фамилия выглядела бы как Бекқожин, а ударение в русском варианте Бекку́жиева падает на второй слог — это отличает её от многих фамилий на -ев, где ударение чаще на суффиксе.

Географически фамилия привязана к регионам, где жили казахи, башкиры и татары, особенно к Западному Казахстану и Оренбуржью. Встречается она нечасто — это редкая фамилия, не входящая даже в сотни самых распространённых в Казахстане. Носительницы фамилии Беккужиева — потомки людей, чьи предки носили имя Беккужа, которое в свою очередь указывало на смешанный статус: знатное происхождение (бек) и религиозный авторитет (ходжа). В кочевом обществе такие имена давали детям, чтобы подчеркнуть двойное достоинство семьи.

Путаница с написанием возможна: в документах встречаются варианты Беккужин, Беккожин, Беккужаев. Но исходная форма через «е» (Беккужиев) — результат русификации: окончание -ев заменило тюркский притяжательный аффикс, а буква «ж» сохранила мягкость произношения.