Фамилия Биндерис — редкий пример, который уводит нас не в славянскую, а в балтийскую ономастику. Её основа — литовское или латышское слово, и это сразу отличает её от большинства русских фамилий, образованных от прозвищ или канонических имён.

Скорее всего, в основе лежит литовское bindė или bindis — «плеть», «кнут», а также «ремень». В переносном смысле так могли прозвать человека с жёстким, строгим характером, либо того, кто занимался изготовлением кожаной упряжи и плетёных изделий. В латышском языке есть слово binde — «завязка», «тесьма», что подтверждает ремесленную или бытовую версию происхождения прозвища.

Суффикс -ерис — типично литовский. Он указывает на принадлежность или характерный признак: Binderis — буквально «тот, кто связан с плетью» или «человек с кнутом». В русской передаче фамилия сохранила исходное литовское окончание, не получив славянских суффиксов -ов или -ин. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были литовцами или латышами, которые переселились на русские земли относительно поздно, в XVIII–XIX веках, и их фамилия не подверглась русификации.

Географически фамилия Биндерис встречается в Литве, Латвии и на прилегающих территориях современной России — в Калининградской области, а также в Псковской и Смоленской губерниях, куда литовское население мигрировало исторически. Встречается вариант написания Биндерис, Биндерис, а также литовская форма Биндерис с ударением на первый слог.

Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян-ремесленников до мелких шляхтичей, поскольку в Великом княжестве Литовском фамилии на -ис носили и простые люди, и дворяне. Точных данных о конкретных дворянских родах Биндерис нет, но это не исключает возможности, что предки были из служилого сословия.