Фамилия Бисеркин относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от личного прозвища. В основе лежит прозвище Бисерка, которое напрямую связано со словом «бисер». Само слово «бисер» — заимствование из тюркских языков, куда оно попало из арабского (busra — «фальшивый жемчуг»). История бисера в России тесно переплетена с историей фамилии: несколько веков его ввозили из Венеции и Германии. В XV веке привозной бисер ценился наравне с драгоценными камнями, а к середине XVIII века спрос на него резко вырос. Цифры говорят сами за себя: в 1748 году через Петербургский порт ввезли 472 пуда бисера, а в 1752 году — уже 2126 пудов. В таких условиях бисерное рукоделие стало массовым, а вместе с ним появились и люди, связанные с этим ремеслом.

Прозвище Бисерка могли дать по роду занятий. Скорее всего, так называли торговца бисером или мастера, который его изготавливал. В те времена бисер могли не только привозить, но и производить на месте — в стеклодувных мастерских. Однако у прозвища могло быть и переносное значение: «маленький, незаметный», как бисеринка. Такое прозвище давали человеку невысокого роста или скромного нрава. Обе версии имеют право на существование, но профессиональная выглядит правдоподобнее: фамилии, образованные от названий товаров и ремёсел, встречаются в русской ономастике очень часто.

Фамилия Бисеркин образована по стандартной модели: к основе Бисерк(а) добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бисерки). Эта модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно — процесс формирования фамилий у крестьян и купцов растянулся на несколько столетий и завершился лишь к XIX веку. Можно предположить, что фамилия встречалась в регионах, где были развиты стекольное производство или торговля, например, в центральных губерниях России.