Фамилия Бисеркова — женская форма от Бисерков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Бисерок. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель принадлежности: Бисерков буквально означало «сын Бисерка» или «человек из рода Бисерка». Основа здесь — слово «бисер», и это сразу задаёт несколько возможных путей возникновения.

Самая прямая версия — прозвище по роду занятий. Бисерком могли называть мастера, который изготавливал бисер, торговал им или занимался вышивкой бисером. В XVII–XVIII веках, когда стеклянный бисер ввозили из Венеции и Богемии, а потом начали производить в России, такой промысел был вполне конкретным и заметным. Человек, работавший с мелким стеклярусом, получал прозвище по инструменту или товару.

Вторая версия — мирское имя-оберег. В русской деревне родители могли назвать ребёнка Бисерком, чтобы он был «мелким, незаметным» или, наоборот, «ценным, как бисер». Такие имена от названий мелких предметов (Жемчуг, Горох, Песок) встречаются в старых писцовых книгах. Прозвище могло закрепиться и за взрослым человеком маленького роста или щеголеватого вида — бисером на Руси украшали праздничную одежду, и щеголя могли прозвать Бисерком.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с диалектным глаголом «бисеркать» (говорить быстро, тараторить) или «бисерный» в значении «мелкий, дробный». Но в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) такая основа не фиксируется как продуктивная.

Фамилия редкая, её очаг — скорее центральные и северные губернии России, где было развито бисерное рукоделие. Встречается она и у старообрядцев, которые славились искусством расшивки бисером. Таким образом, предки Бисерковых с большой вероятностью были ремесленниками или торговцами, связанными с бисерным делом, либо получили прозвище по внешности или характеру.