Фамилия Блакунов — редкий случай, когда у прозвища, от которого она образована, есть сразу несколько серьёзных версий происхождения, и выбрать одну непросто. Самая вероятная, на наш взгляд, — от диалектного южнорусского глагола «благать», то есть «ублажать, угождать, упрашивать». В таком случае Блакуном называли человека вежливого, услужливого или доброго. Чередование «г» и «к» (благать — Блакун) — результат исторических фонетических процессов, в языке такое встречается.

Вторая версия выводит прозвище из литовского blakė — «клоп». Прозвище могли дать человеку невысокого роста или, что грубее, навязчивому и надоедливому. Третья гипотеза отсылает к немецкому глаголу blaken — «коптить». Тогда Блакун — это прозвище кочегара либо смуглого человека. Менее убедительно связывать фамилию с латышским blakus («рядом»), якобы предок жил рядом с каким-то ориентиром: слишком общее значение для прозвища.

Важно, что фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: прозвище Блакун плюс патронимический суффикс -ов. Следовательно, прямой предок носителя фамилии — человек по прозвищу Блакун. Суффикс указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где было принято именование по отцу (в основном крестьянской или мещанской). Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям России, где были распространены диалектные слова, похожие на «благать», а также к регионам, граничащим с Литвой и Латвией, откуда могли прийти балтийские корни.