Фамилия Блакунов образована от прозвища Блакун. По одной из версий, оно происходит от диалектного глагола «благать», который в южных и западных русских говорах означал «ублажать, угождать, упрашивать». Можно предположить, что Блакуном прозвали вежливого, услужливого, доброго человека. Чередование звуков г/к произошло в результате исторических процессов, происходящих в языке. По другой версии, прозвище Блакун ведет свое начало от литовского слова blakė - «клоп». Возможно, основатель рода Блакуновых имел небольшой рост или был навязчивым, надоедливым человеком. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Блакун восходит к немецкому глаголу blaken - «коптить». В этом случае прозвище Блакун мог получить кочегар или смуглый человек. Менее вероятно, что в основе прозвища Блакун лежит латышское слово blakus - «рядом (с кем-чем)». Тогда предок человека по фамилии Блакунов мог проживать рядом с каким-то населенным пунктом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Блакун, со временем получил фамилию Блакунов.