Фамилия Блакуновы (в мужском варианте — Блакунов) образована от личного прозвища Блакун. Словообразовательная модель стандартна для русских фамилий: к основе прозвища добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Блакуна). Вопрос в том, что именно значило исходное прозвище, и здесь единого мнения нет.

Самая обоснованная версия связывает Блакуна с диалектным глаголом «благать». В южных и западных русских говорах «благать» означало «ублажать, угождать, упрашивать». Чередование г/к (благать — Блакун) — результат исторических фонетических процессов, для русского языка это обычное явление. С этой точки зрения прозвище мог получить вежливый, услужливый или добрый человек, тот, кто умел уладить дело просьбами и уговорами.

Другие версии менее убедительны и заимствованы из соседних языков. По одной из них, прозвище ведёт начало от литовского blakė — «клоп». Так могли прозвать человека маленького роста или назойливого, надоедливого — но это скорее гипотеза, построенная на внешнем звуковом сходстве. По другой версии, в основе немецкий глагол blaken — «коптить»; тогда Блакуном могли назвать кочегара или смуглого человека. Встречается и предположение о латышском blakus — «рядом», но оно совсем слабое: ни прозвищного суффикса -ун, ни бытовой логики в нём нет.

Фамилия Блакунов — редкий пример, где славянская основа конкурирует с балтийскими и германскими параллелями. Однако для русского ономастикона естественнее всего видеть в ней прозвище, образованное от живого диалектного глагола. Точное место и время возникновения фамилии не установлены, но по модели образования она относится к числу древних русских патронимических фамилий, сложившихся в XV–XVII веках.