Фамилия Блинникова — женская форма фамилии Блинников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Блинник. В основе лежит слово «блин» — «жидко растворенное тесто, поджаренное лепешкой на сковороде». В народе Блинником могли прозвать любителя этого блюда. Однако убедительнее выглядит версия, что прозвище относилось к «профессиональным» именованиям и указывало на род деятельности человека. Скорее всего, основатель рода был поваром или торговцем блинами.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ник- указывал на лицо по действию или предмету (ср. печник, плотник), а окончание -ов добавило значение принадлежности («сын Блинника»). В русских фамилиях суффикс -ов — один из самых распространенных патронимических показателей.

Ономаст С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Данилу Васильевича Блина Монастырева, жившего в середине XV века. От него, по мнению исследователя, и пошли фамилии Блиновы, Блинковы и Блинниковы. Таким образом, корень у этих фамилий общий, а разница в суффиксах — результат местных говоров или случайных вариантов записи в документах.

Фамилия Блинникова встречается в разных регионах России, но чаще всего — в центральных областях и Поволжье, где традиция выпечки блинов была особенно сильна. Встречаются и варианты написания с одной «н» — Блиникова, но это редкая орфографическая ошибка, не меняющая смысла.