Фамилия Близнец образована напрямую от прозвища, а не от крестильного имени. В основе лежит нарицательное «близнец» — так в старину называли одного из двух детей, родившихся одновременно у одной матери. Скорее всего, предок носителя этой фамилии имел брата или сестру-близнеца, что и стало поводом для прозвища. Такое прозвище указывало на родственные отношения и отличало человека в семье и общине: «Это не Иванов сын, а близнец Петров».

Интересно, что фамилия сохранила исходную форму без патронимического суффикса (-ов, -ев, -ин). В русской ономастике это редкий случай. Обычно прозвища превращались в фамилии через суффиксы принадлежности (Иван — Иванов, Кузнец — Кузнецов). Близнец же застыла в виде чистого прозвища. Такое возможно, если прозвище закрепилось за человеком как основное имя и перешло к детям без изменений. По классификации Б. Унбегауна, это тип фамилий, образованных от названий лиц по родству, но без типичных суффиксов.

Фамилия встречается в основном в южнорусских и украинских землях, где традиция прозвищных фамилий была сильнее. В реестрах запорожских казаков XVII века упоминаются люди с прозвищем Близнец. Это согласуется с тем, что фамилия не получила дополнительного суффикса — в украинской ономастике такие бессуффиксные фамилии обычны.

Есть и другая версия, менее вероятная: прозвище могло относиться к человеку, который имел необычную внешность или повадки, напоминающие парность. Но прямых свидетельств этому нет. Основное значение остаётся родственным: фамилия прямо говорит о том, что предок был одним из двойни.