Фамилия Бобрусенко — яркий пример того, как географическая привязка и суффиксальная модель выдают восточноукраинское или южнорусское происхождение. Её основа — «бобрус» — это диалектный или старый вариант слова «бобр». В русских говорах, особенно на Смоленщине, в Брянской области и на востоке Украины, «бобрус» или «бобрусь» означало то же животное, что и литературный «бобр». Человек мог получить прозвище Бобрус за внешнее сходство с этим зверем (коренастость, густые усы, приземистость) или за промысел — бобров тогда били ради меха и струи.

Суффикс -енко — типичный для украинской патронимической модели XVII–XVIII веков. Он означал «сын» или «потомок», то есть Бобрусенко — буквально «сын Бобруса». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в среде служилых людей и крестьян центральной России, фамилии на -енко массово фиксировали в казацкой среде Левобережной Украины, Слобожанщины и южных уездов России. Это не дворянская фамилия — её носителями были, скорее всего, казаки, мещане или государственные крестьяне.

Версия о происхождении от названия реки Бобруйка или города Бобруйск (Белоруссия) менее вероятна. Топонимическая фамилия оттуда дала бы форму Бобруйский или Бобруйцев, а не Бобрусенко. Кроме того, в украинской ономастике есть целое гнездо родственных фамилий: Бобрус, Бобрусь, Бобрусенко, Бобрусевич, Бобрусов — все они восходят к одному прозвищу, а не к названию города.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в основном в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях, а также в Области Войска Донского. Это подтверждает её южное происхождение. В современной России Бобрусенко — редкая фамилия, чаще всего её можно встретить на Кубани и в Ростовской области, куда переселялись украинские крестьяне и казаки в XIX веке.

Словообразовательная модель проста: корень «бобрус» + патронимический суффикс «-енко». Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Бобру́сенко, хотя в бытовой речи встречаются варианты. Сравните с фамилиями Бобренко, Бобровский, Бобрищев — все они из того же звериного ряда, но каждая со своей географической и социальной окраской.