Фамилия Бобрусев — редкий случай, когда географическое имя почти наверняка перевесило прозвищное. Вопреки первому инстинкту, корень здесь не в бобре, а в названии города Бобруйск. Фамилия образована по модели, типичной для выходцев из белорусских и западнорусских земель: основа «Бобрус‑» (от старого варианта названия города — Бобруса или Бобрусев) плюс типичный русский суффикс принадлежности «‑ев». Бобрусев — буквально «сын человека из Бобруйска» или «выходец из Бобрусева».

Сама основа «Бобрус» — это историческое название речки Бобруйки и одноименного города. В документах XVI–XVII веков город нередко писали как «Бобрусев» или «Бобрусов». Фамилия могла закрепиться за переселенцем, который, переехав в другую губернию, получил прозвище по месту прежнего жительства. Такие «топонимические» фамилии особенно часто встречались у мещан и однодворцев, которые при переписях населения указывали «родом из Бобрусева», и это прозвище со временем стало наследственным.

Менее вероятная, но допустимая версия — от прозвища Бобрус. В некоторых говорах «бобрус» могли назвать человека с пышными усами (как у бобра) или того, кто промышлял бобровым промыслом. Однако против этой версии говорит сам суффикс: прозвищные фамилии на «бобр» обычно выглядят как Бобров, Бобрин, Бобрищев. Форма «Бобрус‑» с характерным для топонимов окончанием «‑ус» (сравните: Полоцк — Полоцкий, но Полоцус — Полоцевич) указывает именно на географическое происхождение.

Современные носители фамилии Бобрусев рассеяны по России и Беларуси, но заметной концентрации нигде не образуют — это типичная «одиночная» фамилия, которую носит несколько десятков семей. В дореволюционных метрических книгах она встречается в основном в Могилёвской, Смоленской и Черниговской губерниях, что косвенно подтверждает связь с Бобруйским уездом. Фамилия не имеет дворянского или знатного происхождения — её носителями были крестьяне и мещане, чьи предки когда-то покинули родной город в поисках лучшей доли.