Фамилия Бодотько сразу обращает на себя внимание суффиксом -ко. В украинской, белорусской и южнорусской традиции этот суффикс — один из самых распространённых. Он мог означать «сын» или «потомок» (как уменьшительная форма), а мог просто фиксировать прозвище. В случае с Бодотько перед нами, скорее всего, прозвищная фамилия, образованная от глагольной основы.

Корень здесь — «бод-». В русских говорах «бодать» — бодаться, толкать рогами. Но для прозвища это не обязательно буквальное значение. «Бодатым» или «бодливым» в деревнях называли упрямого, спорщика, человека, который «идёт на рожон», настырного и неуступчивого. Второй возможный вариант — основа от «бодрый» (бодр, бодра), но тогда форма была бы Бодрко или Бодрило, а не Бодотько. Чередование «о/а» в корне (бодать — бодоть) — диалектное явление, характерное для северных и центральных говоров.

Форма на -отько выделяется даже на фоне множества фамилий на -ко. Если сравнить с типичными Бойко, Шевченко, Лысенко, то Бодотько — более редкий вариант. В белорусской ономастике встречаются фамилии с похожей структурой: Бодяк, Бодецкий, Бодюк. Бодотько могло возникнуть как прозвище человека, который «бодается» в прямом смысле (пастух, работавший с быками или козами), либо как ироничное прозвище задиры.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям. Встречается в Брестской и Гродненской областях, а также на Смоленщине. Сословно её носителями были в основном крестьяне и мещане — фамилии на -ко в этих слоях давали часто и охотно, без привязки к знатному происхождению. Дворянских родов Бодотько в гербовниках не зафиксировано.

Если рассматривать версию происхождения от личного имени, то гипотеза о каноническом имени Богдан (через сокращение Бодя) кажется натянутой: от Богдана пошли бы Богданович, Богданенко, Богданко, но не Бодотько. Скорее всего, фамилия чисто прозвищная, и её основа — живое народное слово, описывающее характер или занятие предка.