Фамилия Болотько образована от прозвища Болоть. В основе лежит слово «болото» — топкое место со стоячей водой, вязкая, грязная почва. Чаще всего такое прозвище давали человеку, жившему в низине, рядом с болотиной. Но на этом версии не заканчиваются.

В некоторых русских говорах «болотом» называли не только топь, но и луговое сено, а также охотника, промышлявшего болотную дичь. Поэтому прозвище Болоть могло указывать на род занятий: сенокосец, торговец сеном или птицелов. Фамилия закрепилась в форме с типичным украинским или белорусским суффиксом -ко, который в восточнославянской ономастике часто придаёт фамилии значение «потомок» или «носитель признака». В данном случае Болотько — это «сын или потомок Болотя».

Прозвище Болоть и однокоренные ему прозвища встречаются в исторических документах с XV века. Известен Иван Филиппович Болото Тургенев (середина XV в.), крестьянин Губа Болотов (1531 г., Переяславль), а в XVI веке упоминается дворянская фамилия Болотовых. Со временем прозвище вытеснило наследственное имя и закрепилось в документах как фамилия. Таким образом, предки носителей фамилии Болотько могли быть жителями болотистой местности, сенокосцами или охотниками на болотную дичь.