Фамилия Болот — одна из тех, что ставит перед исследователем вопрос: это прозвище по месту жительства или по внешности, а может, искажённая форма личного имени? Скорее всего, перед нами прозвище, образованное от нарицательного «болото». Так могли назвать человека, жившего на болотистой местности, возле топи. Второй вариант — прозвище по характеру или поведению: в народной речи «болотом» могли называть медлительного, вязкого, неповоротливого человека. Есть и третья, менее распространённая версия: Болот — это усечённая или диалектная форма имени Болотей, которое встречалось в древнерусских документах и, вероятно, имело охранительное значение (чтобы ребёнка «не забрали злые силы», его называли «некрасивым» словом).

Фамилия оформлена по самой простой модели — без суффикса, что нетипично для русских фамилий. Обычно русские фамилии заканчиваются на -ов, -ин, -ский. Форма Болот характерна для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где нередко оставляли чистое прозвище в качестве фамилии. В официальных документах XIX века такие фамилии чаще встречались на Черниговщине, Полтавщине, в Курской и Воронежской губерниях. Это указывает на крестьянское или казацкое происхождение: фамилия без суффикса — признак того, что её зафиксировали в том виде, в каком человека называли в быту, не переделывая под канцелярский стандарт.

В ономастических словарях фамилия Болот нередко соседствует с однокоренными Болотов, Болотников, Болотский. При этом именно Болот — самая редкая форма. Если Болотовых по России тысячи, то Болот — единичные случаи. Это делает фамилию ценной для генеалогии: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, а не из массового расселения.

Встречается и вариант с ударением на второй слог — Болот, но исторически вернее ударение на первый: Болот. В старых переписях попадаются записи «Болот Фёдор», «Болот Иванов сын», где слово выступает как прозвище или неканоническое имя. Таким образом, фамилия Болот — это не искажение и не случайность, а прямой слепок народного прозвища, сохранившийся в первозданной форме.