Фамилия Болотины образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на согласный добавляли суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). В данном случае основа — прозвище Болотник. В старину так могли назвать человека по месту жительства — «житель болота» или «тот, кто живёт у болота». Такие прозвища давали без уничижительного оттенка, просто как географическую примету.

Есть и другая версия, которую поддерживают многие ономасты: Болотником в народе называли водяного, духа болот. Имя-оберег Болотник могли дать ребёнку, чтобы злые силы приняли его за «своего» и не тронули. Этот обычай — давать «страшные» имена — был широко распространён у славян до принятия христианства и даже после, особенно в северных и лесных губерниях. Вторая версия выглядит правдоподобнее первой именно в контексте традиции: прозвище по месту жительства чаще давали в форме Болотный, а не Болотник.

Таким образом, фамилия Болотины может быть как «топографической» (указание на местность), так и «обережной» (магическая защита имени). Оба варианта укладываются в логику русской антропонимии XVI–XVII веков, когда фамилии только начинали закрепляться.