Фамилия Боенкова — женская форма фамилии Боенков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. На первый взгляд основа «Боенк-» кажется неочевидной, но здесь работает типичная русская модель: суффикс -ов- присоединился к прозвищу или имени Боенко. А это, в свою очередь, уменьшительная форма с суффиксом -енк- (характерным для украинского и южнорусского имясловия) от какой-то более короткой основы.

Самая вероятная версия — происхождение от имени Бой, которое было древнерусским нецерковным именем. Слово «бой» в древности означало не только сражение, но и «воин», «драчун», «задира». Человека могли назвать Боем за характер или профессию (воин, дружинник). От Бой образовали уменьшительное Бойко (с суффиксом -к-), а от него — Боенко (с суффиксом -енк-, который в украинской традиции давал отчества и фамилии вроде Бойченко, Боенко). Затем, по русской модели, Боенко превратилось в Боенков — «сын Боенка».

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь со словом «боярин». В диалектах встречались формы «боярин» → «боенок» (как уменьшительное, по аналогии с «ребёнок»). Тогда Боенков — это потомок незнатного боярского сына или человека, который служил при боярине. Однако эта гипотеза слабее: переход «боярин» → «боенок» не повсеместный, а имя Бой и его производные зафиксированы в исторических документах (например, в Новгородских писцовых книгах встречаются Бойко и Бойковы).

Фамилия Боенков — довольно редкая. Она бытует в основном в центральных и южных областях России, а также в украинском пограничье, что подтверждает её южнорусско-украинские корни. Суффикс -енк- в основе выдает регион происхождения предков: скорее всего, они были выходцами с территории современной Украины или юга России, где такие формы имён были нормой. В дворянских родословных эта фамилия не замечена — скорее всего, носители были крестьянами или мещанами, чья фамилия закрепилась в XIX веке при массовой паспортизации.