Фамилия Боенков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс принадлежности -ов. Суффикс указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека по прозвищу или имени Боенко. Сама основа Боенко — это типичный украинский или южнорусский вариант с уменьшительным суффиксом -енк(о), который в русской среде часто адаптировался в фамилию через -ов. Таким образом, Боенков буквально означает «сын Боенка» или «из рода Боенко».

Корень слова — «бой». Прозвище Боенко могли дать человеку бойкому, драчливому, задиристому или, наоборот, удачливому в бою воину. В диалектах слово «бой» имело и другие значения: так называли часть цепа, которым молотят, или даже вид рыболовной снасти. Однако в основе личного прозвища чаще всего лежит именно характеристика человека, а не предмета. Встречается и версия, что фамилия восходит к имени Бой, которое в древности было некалендарным (мирским) именем, дававшимся ребенку с пожеланием силы и победы. Такие имена без крестильного происхождения встречались у славян повсеместно.

С географической точки зрения фамилия Боенков наиболее характерна для южных областей России — Курской, Белгородской, Воронежской, а также для Ростовской области и Краснодарского края. Это косвенно подтверждает украинское происхождение основы, так как именно в этих регионах исторически было сильное влияние малороссийской культуры и фамилий на -енко. В центральных и северных губерниях фамилия встречается реже.

Интересная деталь: в дореволюционных записях фамилия иногда писалась через «а» — Баенков. Это могло быть следствием акающего произношения в южнорусских говорах, где безударное «о» звучит как «а». Такие орфографические колебания — обычное дело для фамилий, которые долго бытовали в устной форме и лишь потом были записаны чиновниками на слух. Поэтому при поиске предков стоит учитывать оба варианта написания.

Сословная принадлежность носителей фамилии Боенков неоднородна. В основном это были крестьяне и однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи государства. Встречаются Боенковы и среди казачества, что вполне логично для фамилии с «воинственным» корнем. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано.