Фамилия Богаутдинова — женская форма, образованная от мужской фамилии Богаутдинов, которая, в свою очередь, восходит к арабскому имени Богаутдин (в более точной транскрипции — Бахаутдин). Это составное имя: первая часть «баха» означает «благодать», «великолепие», «сияние», вторая — «дин» переводится как «религия», «вера». Таким образом, имя Богаутдин несёт значение «сияние веры» или «блеск религии». По смыслу оно близко к другим мусульманским именам с корнем «дин» — Нуруддин (свет веры), Сайфуддин (меч веры).

Фамилия Богаутдинова нечасто встречается, и её география связана преимущественно с регионами традиционного проживания татар и башкир — Татарстаном, Башкортостаном, а также с некоторыми областями Урала и Поволжья. Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для многих тюркских и арабских имён, которые входили в обиход через исламскую культуру. В татарской среде фамилия могла закрепиться в конце XIX — начале XX века, когда у татар и башкир активно формировались наследственные фамилии по русскому образцу.

Стоит учесть, что в арабском языке имя Бахаутдин имеет варианты произношения и написания — например, Бахауддин. В русской записи звук «х» иногда заменялся на «г» под влиянием тюркских языков, где арабский звук «х» часто передаётся как твердое «г», отсюда форма Богаутдин, а не Бахаутдин. Поэтому фамилия Богаутдинова — это не искажение, а закономерная адаптация имени в татаро-башкирской среде.

Процесс закрепления фамилий был длительным, и без генеалогических изысканий сложно сказать, в каком именно поколении и в каком селе предок получил фамилию Богаутдинов. Однако имя Богаутдин давалось мальчикам в семьях, где ценилось религиозное образование, — часто его носили муллы, учителя медресе или просто глубоко верующие люди. Так что носительница фамилии Богаутдинова может с большой вероятностью вести род от человека, которого уважали за знание ислама и набожность.