Фамилия Богинцева — женская форма, мужской вариант — Богинцев. В её основе лежит притяжательный суффикс -ев, который в русской ономастике обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «Богинцев», то есть сын или потомок Богинца. Само же прозвище Богинец — главный ключ к происхождению.

Здесь возможны два пути, и оба ведут к конкретному человеку, а не к абстрактному понятию. Первый: Богинец — это житель села Богиня или Богня. Такие названия встречаются в Белоруссии и на западе России, особенно в Брянской и Смоленской областях. Топонимическая фамилия — одна из самых распространённых моделей: человека называли по месту, откуда он пришёл. Второй, не менее вероятный вариант: прозвище Богинец мог получить человек, отличавшийся набожностью, или, напротив, тот, кто часто поминал Бога всуе. В народной среде прозвища с корнем «бог» давали не столько за святость, сколько за манеру речи.

Интересно, что в фамилии Богинцева нет типичного для русских фамилий суффикса -ов или -ин, а стоит -ев, что для основ на -ец характерно. Но сама основа «Богин-» редка: она не от полного имени (типа Богдан), а от усечённой или диалектной формы. Сравните с фамилиями Богин, Богинов — они того же корня, но образованы по другой модели. Богинцевы, скорее всего, осели там, где прозвище Богинец было в ходу, — в пограничье русских и белорусских земель. Сословного барьера фамилия не перешагивала: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, но в дворянские гербовники она не попала — слишком бытовая основа.