Фамилия Богнюкова женского рода, а её мужской вариант — Богнюков. Эта фамилия редкая и, скорее всего, имеет искусственное или книжное происхождение. В основе лежит имя Богня — неканоническое, то есть не церковное, а народное. Такие имена на Руси давали с пожеланием божественного покровительства или в знак того, что ребёнок — «Богом данный». Имя Богня могло быть сокращением от более длинных имён, содержащих корень «бог», например, Богдан или Боголюб.

Суффикс -юк- в основе Богнюк указывает на западнорусское, украинское или белорусское влияние. В этих регионах суффикс -юк (-ук) часто обозначал сына или потомка: Богнюк — «сын Боги». Затем к этой основе добавился русский фамильный суффикс -ов, что дало форму Богнюков. Таким образом, фамилия прошла несколько этапов: сначала личное имя Богня, потом отчество Богнюк («сын Боги»), и наконец фамилия Богнюков. Это типичный пример гибридной модели, где украинская основа обрастает русским окончанием.

Версия о происхождении от прозвища, связанного со словом «богнуть» (гнуть, сгибать), маловероятна. Глагол «богнуть» не был широко употребительным в качестве личного прозвища, и его семантика не даёт убедительной мотивации для образования фамилии. Поэтому основная гипотеза — от имени Богня — остаётся самой правдоподобной.

Фамилия Богнюков не встречается в крупных исторических словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова), что подтверждает её редкость. Географически она может быть привязана к юго-западным областям России, граничащим с Украиной, или к районам, где в прошлом была сильна украинская миграция. Социально носители фамилии могли быть крестьянами, мещанами или казаками, но точных данных об этом нет.