Фамилия Богнюков — одна из тех, что образована от прозвища или имени, которое в современном языке почти не встречается. Её основа — «Богнюк», а суффикс «-ов» указывает на принадлежность: буквально «сын Богнюка» или «из рода Богнюковых». Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, но вот сама основа неочевидна.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Богнюк, которое могло быть связано с диалектным или просторечным словом «богнуть» — то есть «гнуть, сгибать, клонить». В некоторых говорах «богнуться» означало «кланяться», «сгибаться в поклоне». Тогда Богнюк — это человек, который часто кланялся, возможно, богомольный или, напротив, льстивый и угодливый. Прозвища, образованные от глаголов с помощью суффикса «-юк», характерны для южнорусских и украинских говоров: «богнюк» — тот, кто богнет (кланяется).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Богдан через народную переделку. В устной речи «Богдан» мог превратиться в «Богнюк» (как «Иван» в «Иванюк»). Однако в этом случае фамилия звучала бы скорее как Богданюков или Богданов, а форма «Богнюков» — более редкая и самостоятельная.

Географически фамилия Богнюков встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она фиксируется в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях — как раз там, где был распространён говор с окончанием «-юк» для прозвищ. Носители фамилии, вероятно, были крестьянами или однодворцами, а прозвище давалось по поведению или характерной привычке.

Разбор суффикса «-юк» в основе — редкая деталь: в русских фамилиях он не так част, как «-ук» или «-ак», и чаще встречается в украинской ономастике. Это делает Богнюковых фамилией с пограничным, русско-украинским происхождением, что подчёркивает её региональную специфику.