Фамилия Богнеева — женская форма фамилии Богнеев, и её происхождение стоит искать не в славянских именах, а в тюркском или арабском корне. Основа «Богней» или «Богнай» — это, скорее всего, адаптированное на русской почве мусульманское имя. Наиболее вероятная версия: от арабского имени «Баг» (бог, господин) или «Бах» (счастье, удача) в сочетании с тюркским суффиксом принадлежности «-ай» (как в именах Алтай, Толганай). Таким образом, Богней могло означать «богатый, счастливый человек» или «господин».

Суффикс «-ев» в основе указывает на то, что первоначально это было отчество: сын Богдана — Богданович, а сын Богнея — Богнеев. Фамилия закрепилась в тех регионах, где русское население веками соседствовало с тюркскими и мусульманскими народами. Скорее всего, предки носителей фамилии жили в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на Урале или в Оренбуржье, где такие имена были обычны. Встречается фамилия и у казаков, что говорит о смешанном происхождении.

Менее убедительная версия связывает фамилию с диалектным словом «богнуть» — гнуть, сгибать, но это маловероятно: прозвище «Богней» в значении «согнутый, горбатый» не подтверждается источниками. Также не стоит путать с фамилией Богданов — это разные корни. В написании «Богнеева» с двумя «е» — типичная русская адаптация: тюркский звук «а» после мягкого согласного перешёл в «е».

Фамилия редкая, в списках дворянских родов не значится. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не ранее XVII–XVIII веков, когда начался массовый переход от отчеств к наследственным фамилиям. Носители фамилии, вероятно, были людьми среднего достатка, возможно, старообрядцами или служилыми людьми на южных границах.