Фамилия Богнетова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с характером или поведением. Корень здесь — «богнет» или «богнуть», что в северных и сибирских говорах означало «гнуть, сгибать, притеснять». Однако в переносном смысле «богнуть» значило «упрямиться, ломаться, делать по-своему». Человека, который гнул свою линию, не поддавался уговорам, могли прозвать Богнетом. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: прозвище Богнет плюс суффикс -ов (притяжательный), а затем женское окончание -а. То есть Богнетова — это «дочь (или жена) Богнета».

Стоит разобраться с ударением. В современном бытовании фамилию чаще произносят с ударением на второй слог — Богне́това, хотя логика исходного прозвища (Бо́гнет) допускает и вариант Бо́гнетова. Второй вариант встречается реже, но он более «архаичный», ближе к прозвищной основе.

Географически фамилия привязана к Русскому Северу и Поволжью. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Богнет в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях. Именно там диалектное слово «богнуть» было в ходу. Южнее, в центральных областях, это прозвище почти не фиксируется — там говорили «гнуть», а не «богнуть».

Версия о связи с церковным именем или словом «Бог» (мол, «богом нет» или «бога нет») — лингвистически слабая. В русской ономастике такие «богохульные» прозвища действительно существовали (Безбожников, Нетужин), но форма Богнет легче и естественнее выводится из глагола «богнуть», чем из искусственной конструкции «бог + нет». К тому же суффикс -ет в прозвищах типичен для отглагольных образований (ср. Вертет, Крутет, Ломет), что подтверждает версию с действием.

Социально фамилия почти всегда крестьянская. В дворянских родословных Богнетовы не встречаются. В XIX веке носители фамилии записаны как государственные крестьяне, реже — мещане в уездных городах. При этом фамилия не угасла: она сохранилась в единичных семьях, в основном в Вологодской и Кировской областях, а также в среде потомков переселенцев в Сибири.