Фамилия Богочанов — одна из тех, что выбивается из общего ряда, и причина здесь не в редком корне, а в самом происхождении. Скорее всего, перед нами «семинарская» фамилия — искусственное именование, которое давали в духовных училищах и семинариях. В XIX веке это была распространённая практика: преподаватели заменяли бытовые, а порой и неблагозвучные фамилии учеников на более торжественные или книжные. Одарённому семинаристу могли присвоить фамилию, отсылающую к церковным понятиям. «Богочанов» в этом ряду стоит рядом с такими же «богословскими» фамилиями, как Богоявленский, Богословский или Боголюбов. Слово «чадо» в церковнославянском означает «дитя», так что Богочанов — это «дитя Бога», то есть «Божий человек».

Менее вероятная версия — прозвищное происхождение. Если бы фамилия возникла в крестьянской среде естественным путём, её основой могло стать прозвище Богочан. Однако что оно означало бы в быту — загадка. Прямой связи с богатством здесь нет: корень «бог» в таких прозвищах чаще указывал на отношение к вере, а не на достаток.

Есть и третья, сугубо топонимическая гипотеза. В Знаменском районе Омской области существует село Богочаны, а рядом — село Богочаново. Выходец из этих мест мог получить фамилию по названию родного села. Этот вариант подкрепляется документами: в Книге памяти Омской области значатся уроженцы именно этих мест. Например, колхозник Богочанов Николай Петрович (1894 г. р.) и киномеханик Богочанов Пётр Афанасьевич (1921 г. р.) — оба проживали в селе Богочаново. Такая географическая привязка делает версию о семинарском происхождении не единственной, хотя и более вероятной для фамилий с явным религиозным смыслом.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа — либо прозвище Богочан, либо искусственно сконструированное имя-комплимент. В любом случае, фамилия Богочанов — это не случайный звук, а осмысленное именование, которое либо «награждало» своего носителя высоким статусом в глазах церкви, либо привязывало его к конкретному сибирскому селу.