Фамилия Богочанов, скорее всего, имеет искусственное происхождение и относится к числу семинарских фамилий. В духовных семинариях существовала практика присваивать одаренным ученикам и отличникам «громкие» фамилии, образованные от церковнославянских или греческих слов. В основе Богочанова лежит слово «богочание» — устаревшее, книжное обозначение сына Божьего или, в более широком смысле, благочестивого, Богом данного человека. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил её в стенах семинарии как знак отличия или как дань духовной традиции.

Менее вероятная, но не исключенная версия связывает фамилию с прозвищем Богочан. В этом случае значение прозвища не обязательно указывало на богатство или зажиточность предка — скорее, на его особую удачливость или счастливую судьбу. Однако гораздо более конкретную подсказку даёт география. В Омской области, в Знаменском районе, находится село Богочаны (и соседнее Богочаново). Выходец из этого села мог получить прозвище Богочан, от которого и образовалась фамилия. Этот вариант подтверждается документальными записями: в Книгу памяти Омской области внесены колхозник Богочанов Николай Петрович (1894 г. р.) и киномеханик Богочанов Петр Афанасьевич (1921 г. р.), проживавшие именно в селе Богочаново. Таким образом, для части носителей фамилии связь с конкретным сибирским селом — не гипотеза, а установленный факт.