Фамилия Богомья — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В её основе лежит прозвище или некалендарное имя Богомья, которое, скорее всего, восходит к славянскому имени Богумил. Имя это составное: «Бог» + «милый», то есть «милый Богу». Однако здесь работает нестандартная словообразовательная модель: окончание -я вместо ожидаемого -ил. Это могло быть уменьшительной или бытовой формой того же имени: Богумил в обиходе сокращался до Богомья, подобно тому как Михаил превращается в Миху или Даниил — в Даню.

Но есть и другая, более предметная версия. Она отсылает к белорусскому слову «багоўня» (или «багаўня») — так называли сундучок под образами для хранения ритуальной утвари. В украинском языке есть близкое «богомілля» — богомолье, паломничество. Если прозвище возникло из этой лексики, то Богомья мог получить либо служитель церкви, заведовавший утварью, либо просто набожный человек, постоянно ходивший на богомолье.

Фамилия образована без типичного суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский). Она застыла в форме исходного прозвища или имени. Это указывает на то, что перед нами так называемая «нетронутая» фамилия, которая могла возникнуть на западе или юго-западе славянского мира — в белорусских или украинских землях, где такие модели встречаются чаще, чем в северной России. В документах фамилия почти не встречается, что подтверждает её редкость и узколокальное бытование.