Фамилия Богомяков образована от прозвища Богомяк. В его основе лежат два корня: «бог» и диалектный глагол «мякать», который, согласно словарю Владимира Даля, означает «просить». Скорее всего, родоначальник фамилии был глубоко верующим человеком, подолгу возносящим к Богу свои молитвы и прошения — отсюда и прозвище.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -як (как Рыжак, Добряк, Бодряк) плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность потомков. То есть Богомяков буквально значит «сын Богомяка». Интересно, что суффикс -як в прозвищах часто придавал слову разговорный или даже ироничный оттенок, но в данном случае он просто закрепил устойчивую характеристику человека.

В говорах встречается и слово «богомяк» в значении «богомол, человек, усердно молящийся». Это ещё одно подтверждение версии о происхождении фамилии от прозвища набожного человека. Версия о связи с глаголом «мякать» (мять, давить) маловероятна — она не даёт осмысленного сочетания с «богом».

Географически фамилия тяготеет к северным и сибирским регионам. Среди известных носителей — Владимир Геннадиевич Богомяков, российский поэт, автор книг стихов «Песни и танцы онтологического пигмея», «Новые западно-сибирские песни» и других. Его творчество нередко обращается к темам веры и поиска смысла, что любопытно перекликается с исходным значением фамилии.