Фамилия Богоневская — редкий пример, где за привычной фамильной формой стоит не географическое название, а религиозная формула. Основа здесь — не топоним, а словосочетание «Бог не в» (вероятно, «Бог не в силе, а в правде» или «Бог не в имени, а в духе»), которое превратилось в прозвище, а затем — в фамилию.

Словообразовательная модель типична для польской и западнорусской (украинской, белорусской) традиции: суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту или роду. Но в случае Богоневской «место» — не село, а устойчивое выражение. Фамилии такого типа (Богоневский, Богоневская) могли возникнуть в среде духовенства или мелкой шляхты, где было принято давать «говорящие» фамилии по библейским цитатам или постулатам веры. В Речи Посполитой так нередко называли священников, получивших образование в семинариях, — как напоминание о смирении перед высшей силой.

Есть и бытовая версия: прозвище «Богонев» мог получить человек, который в споре или в повседневной речи часто повторял «Бог не в …», то есть был скептиком или спорщиком. Но для фамилии на -ский это менее вероятно — такие формы чаще закреплялись за людьми грамотными, а не за крестьянами.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — современные Беларусь, Украина, восток Польши. Встречается она редко, и в дореволюционных метрических книгах её носители — это либо униатские священники, либо мелкопоместная шляхта, перешедшая в православие.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Богонев, Богоневский) показывает, что форма Богоневская — женский вариант от Богоневский, и в документах XIX века она могла фиксироваться как у замужних женщин, так и у дочерей священников. Мужской вариант, Богоневский, встречается ещё реже и почти не сохранился в современной России.

Таким образом, Богоневская — фамилия-формула, которая несёт в себе не столько профессию или место, сколько мировоззренческий отпечаток: её первые носители, скорее всего, были людьми книжными, религиозными, но с акцентом на внутреннюю веру, а не на обрядность.