Фамилия Богонин — одна из тех, где основа на слух кажется прозрачной, а на деле ставит в тупик. Кажется, что корень здесь «бог», но тогда фамилия должна была бы звучать как Богинин или Боговин. Форма на «-онин» встречается реже и заставляет искать другое объяснение.

Скорее всего, фамилия происходит не от имени Бога, а от прозвища или неканонического имени Богоня. В старых русских говорах «богоня» могли назвать человека набожного, часто молящегося или, наоборот, с иронией — того, кто слишком богомольный, «божий человек». Суффикс «-ин» в русских фамилиях стандартно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Богонин, то есть сын Богони. Модель образования та же, что у фамилий Путя (Путин), Митя (Митин) — от кратких разговорных форм.

Есть и вторая версия, менее очевидная. В некоторых диалектах слово «богоня» могло быть связано с глаголом «богать» — разжигать, поддерживать огонь. Тогда прозвище Богоня мог получить кочегар, кузнец или человек, работавший у горна. Фамилии от названий ремёсел — дело обычное, но в случае с Богониным эта версия менее распространена, чем первая.

Географически фамилия встречается разрозненно, без явного «гнезда» в одном регионе. Это говорит о том, что прозвище Богоня было нередким, но локальным — в каждой губернии мог быть свой Богоня. В переписных книгах XVII–XVIII веков такая фамилия почти не фиксируется, что указывает на её более позднее оформление, вероятно, уже после отмены местничества, когда крестьяне и посадские люди активнее получали фамилии.

Социальный контекст прост: Богонины — это не дворянский род, а крестьянская или мещанская фамилия. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, и это нормально: большинство русских фамилий именно такие — скромные, без громкой истории, но с живым прозвищем в основе.