Фамилия Богонина — женская форма, а её мужской вариант — Богонин. С точки зрения словообразования это типичная «патронимическая» фамилия с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Богонин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Богоня.

Корень здесь — «бог-». В русских фамилиях эта основа встречается часто, но в разных вариантах: Богов, Боговин, Богословский. Богонин стоит особняком. Скорее всего, прозвище Богоня дали человеку набожному, богомольному, либо тому, кто постоянно поминал Бога в речи — божился или, наоборот, часто восклицал «ей-богу». В северных и центральных говорах слово «богоня» могло означать и просто «богомолец», «странник, ходящий по святым местам». Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: прозвище могло быть связано с личным именем Богдан (Богом данный) — его усечённая форма Богоня встречается в старых писцовых книгах. Однако в таком случае фамилия чаще писалась бы как Богданин или Богданов.

География фамилии Богонина неширокая. По данным открытых источников, основные очаги — Тверская, Псковская и Новгородская области, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение модели с суффиксом -ин (в южных регионах предпочли бы Богоненко или Богонский). Встречается фамилия и в Сибири, но это, скорее всего, следствие переселений XIX века.

Интересная деталь: фамилия Богонин / Богонина по звучанию близка к слову «богони» — так в некоторых диалектах называли богомолов-странников. Если предок носителя действительно был таким «богоней», то фамилия фиксирует не просто черту характера, а целый образ жизни — человека, который ходил по монастырям, жил подаянием и считался в народе блаженным. В эпоху после церковного раскола XVII века такое прозвище могло закрепиться за старообрядцем, ушедшим в леса. Но это лишь гипотеза — прямых документальных подтверждений пока нет.

Сословно фамилия не элитарная: Богонины в основном числились крестьянами и мещанами. В дворянские родословные книги этот род не попал, что типично для прозвищ, образованных от бытовой черты, а не от имени владельца вотчины.