Фамилия Богонюк — характерный пример украинской модели образования фамилий с помощью патронимического суффикса -юк. Этот суффикс широко распространён в западных и центральных регионах Украины и указывает на происхождение: «сын такого-то» или «потомок такого-то». В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Богон.

Самый вероятный источник этого прозвища — диалектное слово багон. Так в украинских говорах, особенно в Полесье и на Волыни, называют багульник болотный — ядовитый кустарник с резким запахом, который растёт на торфяниках и заболоченных хвойных лесах. В народной медицине багон (багульник) применяли при болезнях лёгких и кожи, но в больших дозах он опасен.

Почему человека могли назвать Богоном? До христианства у славян был обычай давать «растительные» имена. Считалось, что имя, взятое от природы, свяжет ребёнка с ней и передаст ему свойства растения — в данном случае, возможно, выносливость, способность выживать на скудной почве или целебную силу. Такое имя не было оскорбительным, а носило охранительный или пожелательный смысл.

Обратите внимание на смену гласной: а перешло в о (багон → Богон). Это следствие «оканья» — особенности произношения, характерной для части северных и восточных говоров Украины, а также для некоторых районов Полесья. Таким образом, написание «Богонюк» закрепилось в местности, где произносили «Богон», а не «Багон».

Фамилия Богонюк географически тяготеет к ареалу произрастания багульника в Украине: Ровенская, Волынская, Житомирская, Киевская области. Именно там, на болотистых землях Полесья, и возникло прозвище, лёгшее в основу фамилии.