Фамилия Бохонюк звучит как типичная западноукраинская, и её разбор это подтверждает. Суффикс -юк указывает на происхождение с Волыни, Подолья или Полесья: так в этих краях называли сына или ученика человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — «Бохон». Если отбросить суффикс, остаётся корень, который ведёт нас к прозвищу Бохон, а оно, скорее всего, связано с диалектным словом «бохон» — так в некоторых западных говорах называли ковригу хлеба, каравай или круглый хлебец. В польском языке bochenek — это буханка, и это слово легко могло перейти в украинские говоры.

Значит, первый и самый очевидный вариант: предок носителя фамилии был пекарем или хлеботорговцем. Прозвище «Бохон» могли дать человеку за профессию, за любовь к хлебу или даже за круглую, плотную фигуру — в народе прозвища часто давали по внешнему сходству с предметом. Такая модель образования типична для ремесленных прозвищ: Сковорода, Ложка, Горшок — и Бохон из того же ряда.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с личным именем Богдан. В некоторых диалектах имя Богдан могли сокращать до Бохно или Бохон, и тогда Бохонюк — это «сын Богдана». Но эта гипотеза слабее: от имени Богдан чаще образовывали фамилии через суффиксы -ов, -енко или -ук (Богданов, Богданенко, Богданюк). Форма «Бохонюк» встречается реже и звучит именно как производное от прозвища, а не от крестильного имени.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века носители Бохонюк встречаются в основном в Подольской и Волынской губерниях, а также в соседних районах современной Западной Украины. В России фамилия редкая и, как правило, связана с переселенцами из тех земель. Известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что тоже подтверждает её «народный», а не аристократический корень. Однокоренные фамилии — Бохон, Бохан, Бохонко — все они стоят в том же смысловом ряду и указывают на ту же хлебную основу.