Фамилия Бохонский — редкий пример, где географическая привязка почти очевидна, но не единственна. Судя по характерному суффиксу -ский, она образована от названия места — скорее всего, села или местечка Бохонь, Боханы или Бохоново. Такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России (например, деревня Боханы в Витебской области). Основа «бох-» могла произойти от древнерусского или диалектного слова «бохать» — бить, колотить, или от личного имени Бохан, которое давали крупному, сильному человеку. По другой версии, корень связан с польским «boch» — бок, сторона, что указывало бы на человека, жившего «на боку» села, на окраине.

Модель образования типична для шляхетских и крестьянских фамилий конца XVI–XVII веков, когда прозвище или название деревни превращали в фамилию с помощью -ский. В отличие от более частых -ов/-ев, суффикс -ский чаще указывал на принадлежность к месту: Бохонский — «тот, кто из Бохони». Если исходить из географии, фамилия могла бытовать среди православных и католиков на землях бывшего Великого княжества Литовского.

Спорных версий немного: иногда Бохонского пытаются связать с древнееврейским «бохен» (испытание) или тюркским «бохан» (хан-волк), но это слабые гипотезы. Никаких лингвистических следов таких заимствований в русском именослове нет. Куда правдоподобнее, что предок носителя фамилии был либо крестьянином из деревни Боханы, либо мелким землевладельцем, чьё прозвище закрепилось за потомками. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что только подтверждает её узколокальное происхождение.