Фамилия Бохонов происходит от прозвища Бохон. В словаре Владимира Даля «бóхон» — это каравай хлеба, коврига. Прозвище могли дать любителю свежей выпечки, но правдоподобнее версия о ремесле: предок, скорее всего, был пекарем или хлеботорговцем. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бохонов, то есть сын или потомок Бохона.

В документах XVIII века встречаются конкретные сведения. Крестьянин Алексей Васильев сын Бохонов в 1765 году выкупился в купечество, а его семья проживала в деревне Залипаево Севского уезда Орловской губернии. Этот случай показывает, что фамилия уже тогда была наследственной и фиксировалась в официальных записях. Орловская земля — один из вероятных очагов распространения фамилии.

Слово «бохон» в русских говорах имело и диалектные варианты: «бохан», «боханец». Отсюда же родственные фамилии — Боханов, Боханцев. Но Бохонов выделяется именно формой с суффиксом -он, который в прозвищах мог придавать оттенок уменьшительности или просторечия. Так что носитель фамилии Бохонов — потомок человека, которого в округе знали по его связи с хлебом: либо как мастера, либо как большого любителя караваев.