Фамилия Бохонова образована от прозвища Бохон. В словаре Владимира Даля «бохон» — это каравай хлеба, коврига. Скорее всего, прозвище закрепилось за любителем выпечки или, что правдоподобнее, за пекарем — человеком, чья профессия была связана с хлебом. Такие «профессиональные» прозвища нередко становились основой фамилий: мастеров называли по их ремеслу, а затем это именование передавалось детям.

Суффикс -ов в фамилии Бохонов(а) указывает на принадлежность: «сын Бохона». Это стандартная модель русских фамилий, распространённая в центральных и южных губерниях.

В исторических документах встречаются сведения о роде Бохоновых из деревни Залипаево Севского уезда Орловской губернии. Известно, что крестьянин Алексей Васильев сын Бохонов в 1765 году был записан в купечество — случай, показывающий, как фамилия переходила из крестьянского сословия в городское. Орловская губерния была регионом, где хлебопашество и пекарное дело составляли основу хозяйства, что косвенно подтверждает профессиональную версию происхождения прозвища.

Фамилия Бохонова — женская форма, в мужском роде она звучит как Бохонов. Встречаются также однокоренные фамилии Бохонкин, Бохонько, но Бохонов — самая распространённая, с ясной словообразовательной структурой.