Фамилия Бокшанская — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. Она образована по типичной модели для польской и западнорусской шляхты: к названию места добавили суффикс -ск(ий)/-ск(ая), указывающий на принадлежность к этому месту или владение им. Основа здесь — «Бокшан» или «Бокшаны». Так могли называться несколько небольших населённых пунктов на территории бывшей Речи Посполитой, например, деревня Бокшаны в современной Литве (Шяуляйский район) или урочища с похожим корнем в Беларуси.

Мужской вариант — Бокшанский. Типичное окончание -ский говорит о том, что фамилия закрепилась в среде дворянства или духовенства, реже — среди крестьян, переселившихся из одного поместья в другое и взявших название покинутого имения. Корень «Бокш-» тёмный. В балтийских языках есть слово «bokštas» (башня), но связь неочевидна. В славянских говорах «бокш» могло быть искажением личного имени (например, Бокша — уменьшительное от Богдан или Борислав), но тогда фамилия скорее получила бы суффикс -ин или -ов (Бокшин, Бокшов).

Самая правдоподобная версия — топонимическая. Предок Бокшанской владел или происходил из имения Бокшаны. Ономасты обращают внимание, что фамилии на -ский в XIX веке часто «подравнивали» под дворянский стандарт: если крестьянин из деревни Бокшаны записывался как Бокшанский, это могло быть актом социального престижа, а не реальной принадлежности к шляхте. В польской ономастике фамилия Бокшаньский (Bokszański) фиксируется с XVI века, что подтверждает её давнюю аристократическую традицию.

В современной России фамилия встречается редко, в основном в центральных регионах и в среде потомков польских или литовских дворян, переселившихся после разделов Речи Посполитой. Ударение, судя по типичной модели, падает на второй слог: Бокша́нская.