Фамилия Бокшеев — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит прозвище или дохристианское имя, образованное от диалектного слова. Разберёмся по порядку.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В тюркских языках слово «бокша» или «бокше» означало «узел», «свёрток», «мешок» (ср. татарское «букча» — узелок). Прозвище Бокша могли дать либо запасливому, либо, наоборот, неопрятному человеку, который ходил с большим мешком. В русских говорах слово «бокша» также известно в значении «сума», «котомка». Таким образом, Бокшеев — потомок человека по прозвищу Бокша.

Менее распространённая, но возможная версия — от имени Бокшей, которое могло быть вариантом тюркского имени с компонентом «бай» (богатый, господин) или «бек» (князь), прошедшим через фонетические изменения. Однако форма «Бокшеев» с суффиксом -ев указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «ш» («Бокш»), что типично именно для прозвищ.

Обратим внимание на суффикс. Фамилия оформлена по русской модели притяжательных прилагательных: -ев указывает на принадлежность («чей?» — Бокшеев, то есть сын Бокши). Это говорит о том, что фамилия сформировалась в русской среде, хотя её основа, вероятно, тюркского происхождения. Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — в зоне активных контактов русского и тюркского населения.

В ономастических справочниках фамилия Бокшеев не фигурирует как широко известная, что подтверждает её локальный, «гнездовой» характер. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими своё родовое имя от бытового прозвища, которое закрепилось за главой семьи.