Фамилия Большея — редкий пример, где окончание -я не уменьшительное и не женское, а указывает на происхождение по отцу. Модель образования здесь та же, что и в украинских фамилиях вроде Иваненко или белорусских типа Григорья: суффикс -я (или -а) в притяжательном значении «сын такого-то». Только основа не имя, а прозвище или характеристика Большой. Если «Большой» в древнерусском быту означало «старший», «главный» или просто «рослый человек», то Большея — буквально «сын Большого».

Такая словообразовательная схема характерна для юго-западных русских земель и Украины XVII–XVIII веков, где фамилии на -я фиксировались у казаков и крестьян. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые образовывались от полных форм прилагательных (Большов), форма Большея сохранила более архаичную модель прямого притяжательного склонения. Встречается она редко: в переписях и ревизских сказках XIX века носители такой фамилии отмечены в основном в Черниговской и Полтавской губерниях.

Спорный момент — не путать с фамилией Большой, которая могла закрепиться как прозвище без суффикса. Большея же однозначно указывает на родство: предок был известен как «Большой» в своей общине — либо ростом, либо старшинством, либо положением. Других правдоподобных версий нет: притягивать значение «больше всех» или «большой по размеру» не нужно, потому что суффикс уже задаёт семейную связь, а не прямую характеристику.