Фамилия Болтрукова — женская форма фамилии Болтруков, и её происхождение, скорее всего, связано не с русским словом «болт», а с балтийским топонимом. Вероятная основа — прозвище Балтрук, которое восходит к названию деревни Балтрук в Курляндии (историческая область на западе Латвии). Этот населённый пункт известен тем, что в 1699 году там построили старообрядческий храм. Можно предположить, что основатель рода был выходцем из этой деревни, возможно, старообрядцем, который посещал тамошнюю церковь.

Изначально фамилия, скорее всего, звучала как Балтруков, но под влиянием «окающих» говоров гласная «а» в первом слоге перешла в «о», и фамилия закрепилась в форме Болтруков. Модель образования стандартная для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к прозвищу или имени отца, указывая на принадлежность: «сын Балтрука». Таким образом, Болтруков — это потомок человека по прозвищу Балтрук.

Сам топоним Балтрук, вероятно, имеет балтийское происхождение. Корень «балт-» (baltas по-литовски и bāls по-латышски значит «белый») мог указывать на цвет песка, глины или воды в тех местах. Вторая часть «-рук» менее прозрачна: возможно, это искажённое латышское слово, обозначающее какой-то природный объект. В любом случае, связь с Латвией и старообрядческой общиной — самая конкретная зацепка для этой редкой фамилии. В отличие от массовых фамилий на -ов от крестильных имён, Болтруков стоит особняком и отсылает к конкретной географической точке, что делает её ценным маркером для семейной истории.