Фамилия Бонадыковы ведет свою историю от личного имени предка — Бонадык. Это имя — производная форма от канонического имени Бенедикт, которое в переводе с латыни означает «благословенный». За этим именем стоит фигура Бенедикта Нурсийского, основателя ордена бенедиктинцев, которого называют отцом западного монашества. Святой Бенедикт считается покровителем Германии, Палермо и Сандерленда, а также небесным заступником школьников, преподавателей, земледельцев, музыкантов и художников. В 1964 году папа Павел VI провозгласил его покровителем Европы.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе имени Бонадык прибавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бонадыка). Фамилия закрепилась в форме множественного числа — Бонадыковы, что типично для обозначения целого рода или семьи.

Примечателен сам путь имени: латинское Benedictus через народную речь превратилось в Бонадык. В русских говорах имя Бенедикт нередко упрощали и переиначивали — так появлялись формы Бенедиктов, Бедиков, Бонадык. Последняя, скорее всего, возникла в западных или южных регионах, где было сильнее влияние польского или украинского языков. В польском, например, имя звучит как Benedykt, а в народном произношении могло дать вариант, близкий к «Бонадык».

Сведения о представителях фамилии встречаются в документах. Так, в источниках Амурской области упоминается Ефросинья Антоновна Бонадыкова, родившаяся в 1931 году в селе Рочеборок Березинского района Минской области. Эта запись важна: она связывает фамилию с территорией современной Беларуси, что подтверждает версию о западном происхождении имени-основы. Переселение в Амурскую область, вероятно, произошло в ходе миграционных процессов XX века.

Фамилия Бонадыков — нечастая, но именно редкость помогает точнее проследить её корни. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Петров, она сохранила связь с конкретным именем-прозвищем и не растворилась в однотипных образованиях. Впрочем, окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических изысканий — процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности.